Năm 1231, ông thiết lập "Toà thẩm tra"; (Inquisition) và giao phó cho các tu sĩ Đôminicô. Grêgôriô IX cho thiết lập các tòa thẩm tra cách vĩnh viễn vào năm 1233, ông đã chọn các người từ dòng Khất Thực, nhất là tu sĩ dòng Ða Minh, để hoán cải dân chúng qua Tòa Thẩm Tra.

Trong bức thư gửi các Gíam mục Pháp vào năm 1233, Đức Gregorio viết: Xét rằng giữa muôn thứ bận rộn, chư huynh khó có thể chu toàn nỗi những vất vả của công tác nặng nề. Vì thế, quả là hợp lý việc chia sẻ bớt gánh nặng của chư huynh, ta gửi đến chư huynh những Anh Em chuyên sứ mạng chống lạc giáo tại Pháp và các làng phụ cận. Ta yêu cầu chư huynh tiếp đón các vị cách chân thành và xử đối xứng đáng, chấp thuận cho các vị làm cố vấn để giúp đỡ hỗ trợ chư huynh trong việc này, hầu anh em đó có thể chu toàn được sứ mạng đã được ủy thác. [2]